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Généralités sur le projet

Folding ? ça veut dire quoi ça ? [ Retourner en haut ]

On peut traduire le terme "folding" par repliement, du verbe "to fold" : plier.

Le but du projet Folding@home [ Retourner en haut ]

Folding@home est un projet scientifique qui a été mis sur pied par l'université Stanford. Le but du projet : utiliser la puissance du plus grand nombre possible d'ordinateurs pour comprendre comment les protéines se "plient".

Pour avoir cette puissance de calcul, ils ont pris exemple sur le projet Seti@home. Ils demandent aux gens chez eux d'installer leur petit logiciel qui lui, utilise la puissance de votre processeur non utilisée par d'autres applications pour faire une partie de ses calculs. Cela ne ralentit aucunement votre ordinateur et vous permet de contribuer à la science!

Qu'est ce qu'un ordinateur distribué ? [ Retourner en haut ]

Certaines études scientifiques ont besoins d'une puissance de calcul très importante, par exemple l'analyse des signaux radio, les prévisions météorologiques, ou l'étude du repliement des protéines.

Pour cela, on a deux solutions pour arriver au résultat :

  1. utiliser un supercalculateur
  2. découper les calculs en petites parties, et les faire calculer par des milliers d'ordinateurs personnels
    Toutes ces petites parties calculées séparement sont ensuite renvoyées sur un serveur, qui est chargé d'assembler le résultat
    Par exemple, pour calculer la somme des éléments d'un tableau, on découpe ce tableau en deux parties, on fait calculer la somme à deux personnes, et pour obtenir le résultat, on a plus qu'un calcul à faire : résultat de la somme de la premiere personne plus résultat de la deuxieme.

Le projet Folding@home a bien sûr privilégié l'option #2

Qu'est ce qu'une protéine ? [ Retourner en haut ]

Une protéine est l'expression du génome humain (L'ADN comprend des gènes qui seront traduit en protéine).

Elle est composée d'acides aminés et va ensuite, selon le milieu dans lequel elle baigne, se replier et prendre une conformation qui lui est spécifique, et qui est nécessaire à son activité.

Les fonctions des protéines sont variées et absolument indispensables à la vie de la cellule et donc de l'organisme: enzyme, protéine structurale, Hormones, transport de l'oxygène avec l'hémoglobine... Elles assurent quasiment toutes les fonctions permettant à la cellule de survivre, croitre, se différencier, se diviser, communiquer...

Aujourd'hui avec l'essor de la biochimie et de la biologie cellulaire en médecine, on considère que toute maladie est en fait due à une souffrance cellulaire s'exprimant par un défaut dans la synthèse des protéines et surtout dans leur repliement.

Or, le fait est que la prise de conformation des protéines est un phénomène extrêmement complexe et dépendant d'un nombre innombrable de facteur. Une connaissance de ces mécanismes de plicatures permettrait d'orienter vers de nouveaux espoirs la recherche thérapeutique dans des maladies aussi variées que le HIV, l'encéphalopathie bovine spongiforme (ESN), l'alzheimer, la sclérose en plaque, et surtout le cancer.

C'est cela l'ambition du projet Folding@home!

(plus d'information sur ce qu'est une protéine est disponible sur cette page)

En quoi consiste le logiciel Folding@home ? [ Retourner en haut ]

Le logiciel Folding@home comprend cinq composants clés :

  • Web Control : est une page Web simple avec des contrôles de haut niveau pour gérer le logiciel Folding@home.
  • Advanced Control : est une interface avancée destinée aux utilisateurs plus techniques (anciennement connu sous le nom FAHControl).
  • FAHScreensaver : est un économiseur d'écran qui attend que le système devienne inactif, puis active FAH et une simple visualisation.
  • FAHClient : est le composant qui gère en coulisses le processus de pliage. Il traite les commandes et communique avec les serveurs lors de la réception et de l'envoi des unités de travail.
  • FahCores: tout une série de programmes sous-jacents hautement techniques et scientifiques qui effectuent les simulations de dynamique moléculaire telles que le repliement des protéines.

FAHClient est la pièce maîtresse du logiciel. Web Control et Advanced Control sont des interfaces graphiques complémentaires, et - tout comme FAHScreensaver - communiquent avec FAHClient. FAHClient télécharge les unités de travail et les FahCores nécessaires à partir des serveurs de Stanford et renvoie les résultats terminées lorsque FahCore achève son travail.

Le client Folding@home V7 existe pour Windows, Linux et MacOS X et permet de faire calculer les CPU (ordinateur) ainsi que les GPU (carte graphique).

Si vous utilisez le navigateur Chrome, vous pouvez exécuter Folding@home sans installer le logiciel sur votre ordinateur ou votre téléphone. Il suffit de lancer l'application et commencer à plier.

Qu'est-ce que l'Alliance Francophone [ Retourner en haut ]

L'Alliance Francophone est une équipe qui s'est constituée, en octobre 2001 par la fusion de l'équipe Nerdz (Canada) et de l'équipe Folding@home[hfr] (France).

Plusieurs raisons ont motivé cette fusion :

  • se dégager de toute référence à une marque commerciale pour être plus fédérateur
  • obtenir un score plus élevé afin d'être plus visibles au niveau mondial.

Aujourd'hui l'Alliance Francophone rassemble des membre belges, canadiens, français et suisses et se trouve classée parmi les meilleures équipes mondiales. Si cette situation nous permet de recruter de nouveaux participants aux projet Folding@home, les fondateurs auront réussi leur pari. Nos divers sites internet et forums sont destinés à l'assistance technique de ceux qui ont des ennuis et à cimenter l'équipe par la bonne humeur de sorte qu'un membre reste un membre actif le plus longtemps possible.

Mais l'Alliance Francophone est plus que cela encore car des équipes portant ce nom existent sur d'autres projets de calculs distribués (comme feu Genome@Home et DistributedFolding, ou l'encore actif BOINC) et ces équipes se soutiennent entre-elles. Certains de nos membres participent à plusieurs de ces projets en fonction du matériel dont ils disposent.

Qui sont les foldingueurs ? [ Retourner en haut ]

Ce site est fait par les foldingueurs de l'équipe Alliance Francophone (Team 51). C'est tout simplement le nom que nous nous donnons, mais nous disons aussi plieurs, francoplieurs et foldingues .

Nous plaisantons, discutons du projet et aidons les nouveaux foldingueurs sur notre forum où vous pouvez nous rejoindre : la lecture est libre, mais pour y écrire il faut s'inscrire (c'est sans frais et sans conséquence autre que d'attribuer à chacun la responsabilité de ses propos).

Comment puis je participer moi aussi ? [ Retourner en haut ]

C'est simple, il faut télécharger et installer le client Folding@home, et c'est bon.

Le client Folding@home V7 existe pour Windows, Linux et MacOS X et permet de faire calculer les CPU (ordinateur) ainsi que les GPU (carte graphique).

Si vous utilisez le navigateur Chrome, vous pouvez exécuter Folding@home sans installer le logiciel sur votre ordinateur ou votre téléphone. Il suffit de lancer l'application et commencer à plier.

Est-ce que le programme Folding@home interfère avec mon travail ? [ Retourner en haut ]

Non, le programme travaille avec les ressources inutilisées de votre ordinateur, et cela sans que l'utilisateur sente une quelconque gêne.

Il est impossible de savoir si le logiciel Folding@home est en train de s'exécuter sans regarder la liste des programmes en train de tourner sur votre ordinateur.

Qui detient les brevets ? [ Retourner en haut ]

Contrairement à d'autres projets distribués, Folding@home est géré par une institution académique (le Pande Group, du département de chimie de l'université de Stanford, Californie), qui est une institution à vocation non pécuniaire dédiée à la recherche scientifique et à l'éducation.

Les brevets seront versés dans le domaine public.

Que deviennent les résultats ? [ Retourner en haut ]

L'objectif est de mettre les données à la disposition des autres chercheurs.

En particulier, les résultats de Folding@home sont disponibles à plusieurs niveaux. Plus important encore, l'analyse des simulations est soumise aux revues scientifiques pour publication, et ces articles sont ensuite mis à disposition sur le site du projet Folding@home après publication.

Suite aux publications de ces articles scientifiques, les données brutes des séquences de pliage sont mises à disposition des autres chercheurs sur demande. L'ensemble de données de certaines des simulations les plus importantes sont déjà disponibles publiquement. Le Pande Group s'efforce également de partager les technologies clés du projet avec d'autres scientifiques, afin de faciliter leur recherche.

Quels sont les premiers résultats obtenus ? [ Retourner en haut ]

Les premiers résultats ont permis d'étudier des repliements d'une période de 5 à 10 micro-secondes. Cela semble ridiculement peu, mais songez qu'il a fallu que des dizaines de milliers d'ordinateurs personnels calculent pendant des milliers d'heures pour juger de l'ampleur de la tâche.

Les publications scientifiques détaillant ces résultats sont disponibles sur le site du projet Folding@home, et sur le site de l'Alliance Francophone vous trouverez la traduction en français d'articles de presse concernant la première publication majeure du projet.

La méthode est maintenant considérée comme validée par les scientifiques.

Depuis, le Pande Group a été en mesure de plier plusieurs protéines sur une période de 1,5 milliseconde avec une validation expérimentale de la cinétique de pliage. C'est une échelle de temps mille fois plus longue que n'importe quelle simulation précédente au niveau atomique, et représente une avancée fondamentale par rapport aux travaux précédents.

Il est maintenant possible de simuler les protéines importantes utilisées dans les études de biologie structurale du repliement ainsi que des protéines impliquées dans les maladies. Le Pande Group a été en mesure d'effectuer des simulations détaillées de plusieurs de ces protéines à des échelles de temps biologiquement pertinentes, ce qui a permis d'obtenir des informations auparavant impossibles à obtenir. Il a été possible d'identifier plusieurs candidats-médicaments potentiels susceptibles de lutter contre la maladie d'Alzheimer, le cancer et les infections par des virus.

Des articles scientifiques revus par des pairs détaillant ces résultats sont publiés sur la page de résultats, et beaucoup d'entre eux sont publiés dans des revues de premier plan telles que Science, Nature, PNAS et JMB. Ces publications sont très détaillées et souvent techniques, mais des résumés de leurs résultats peuvent être trouvés sur la page de résultats ainsi que dans l'article Folding@home sur Wikipedia (en anglais).

Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à venir les poser sur le forum


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